補助金は受け取った時点で課税される｜圧縮記帳の仕組みと、使えない場面

補助金は受け取っても税金がかからない、と理解されていることがあります。これは正しくありません。国や自治体から受け取った補助金は、法人なら益金、個人事業なら収入として課税の対象に入ります。そして、その課税を避けるための仕組みとして用意されている圧縮記帳も、税金を消す制度ではありません。条文が定めているのは、補助金で取得した固定資産の帳簿価額を減らす（または同額を積立金として積み立てる）ことで、その年の所得を減らす代わりに、帳簿価額を減らした分だけ以後の減価償却費も減らすという処理です。つまり、負担が動くのは金額ではなくタイミングだけです。

この記事は、法人税法第42条・第43条、所得税法第22条・第34条・第42条・第43条、法人税基本通達10－2－1、所得税基本通達34－1、および国税庁タックスアンサーの原文を読んで書いています。扱うのは「固定資産の取得や改良に充てるための補助金を受け取ったとき、いつ・いくらが課税され、圧縮記帳で何がどう動くか」です。補助金の採択方法や申請書の書き方は扱いません。また、個別の申告内容の判断は税理士の領分なので、ここでは条文が何を要求しているかまでを示します。

そもそも補助金は課税されるのか

法人税法にも所得税法にも「補助金を非課税とする」という規定はありません。あるのは、固定資産の取得または改良に充てるための補助金に限って、一定の経理をしたときに所得から控除（法人）または総収入金額に算入しない（個人）という規定です。裏返すと、それ以外の補助金、たとえば人件費や広報費といった経費に充てるための補助金には、この仕組みが用意されていません。受け取った期の収益として、そのまま課税所得に入ります。

法人税法第42条第1項は、適用の条件をこう定めています。

「内国法人（清算中のものを除く。以下この条において同じ。）が、各事業年度において固定資産の取得又は改良に充てるための国又は地方公共団体の補助金又は給付金その他政令で定めるこれらに準ずるもの（以下第四十四条までにおいて「国庫補助金等」という。）の交付を受けた場合（その国庫補助金等の返還を要しないことが当該事業年度終了の時までに確定した場合に限る。）において、当該事業年度終了の時までに取得又は改良をしたその交付の目的に適合した固定資産につき、（中略）その帳簿価額を損金経理により減額し、又はその圧縮限度額以下の金額を当該事業年度の確定した決算において積立金として積み立てる方法（政令で定める方法を含む。）により経理したときは、その減額し又は経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。」

個人事業の場合は所得税法第42条第1項が対応します。こちらは「その年十二月三十一日（その者がその年の中途において死亡し、又は出国をした場合には、その死亡又は出国の時。）までに」返還不要が確定し、同じ日までに交付の目的に適合した固定資産の取得または改良をしたときに、補助金相当額を総収入金額に算入しないと定めています。法人が「損金に算入する」形をとるのに対し、個人は「収入に入れない」形をとる、という違いです。

消費税については扱いが別です。国税庁タックスアンサー No.6157は、課税の対象とならないもの（不課税）の具体例として「寄附金、祝金、見舞金、国または地方公共団体からの補助金や助成金等」を挙げています。補助金そのものに消費税はかかりません。

課税のタイミングを決めるのは「返還不要が確定した日」

条文を読むときに見落としやすいのが、括弧の中の限定です。法人税法第42条第1項の適用は「その国庫補助金等の返還を要しないことが当該事業年度終了の時までに確定した場合に限る」とされています。入金日でも、交付決定日でもなく、返還を要しないことが確定した時点が基準です。

では「確定」とは何か。ここで効いてくるのが法人税基本通達10－2－1です。

「法人が交付を受けた国庫補助金等について次のような一般的条件が付されていることは、法第42条第1項（同条第5項を含む。）、第43条第1項（同条第2項、第6項若しくは第8項を含む。）又は第44条第1項（同条第4項を含む。）《国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額の損金算入等》の規定の適用上、当該国庫補助金等につき返還を要しないことが確定しているかどうかの判定には関係がないものとする。」

この通達が「判定に関係がない」として挙げているのは、次の2つです。

• 交付の条件に違反した場合には返還しなければならないこと
• 一定期間内に相当の収益が生じた場合には返還しなければならないこと

補助金の交付要綱には、この種の条項が置かれていることがあります。後者は、いわゆる収益納付の定めがある補助金で問題になります。通達は、こうした一般的な条件が付いているというだけでは「返還不要が未確定」とは扱わないと整理しているわけです。

事業年度の終わりまでに確定しなかった場合の受け皿も、法人税法には用意されています。第43条第1項の見出しは「国庫補助金等に係る特別勘定の金額の損金算入」で、条文はこう定めています。

「内国法人（清算中のものを除く。以下この条において同じ。）が、各事業年度（中略）において固定資産の取得又は改良に充てるための国庫補助金等の交付を受ける場合（その国庫補助金等の返還を要しないことが当該事業年度終了の時までに確定していない場合に限る。）において、その国庫補助金等の額に相当する金額以下の金額を当該事業年度の確定した決算において特別勘定を設ける方法（政令で定める方法を含む。）により経理したときは、その経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。」

つまり法人は、確定していれば第42条で圧縮記帳、確定していなければ第43条で特別勘定、という二本立てです。どちらも「確定した決算において」経理することが条件なので、決算を締めた後に思い出しても間に合いません。

個人事業の場合、同じ場面を受け止めるのが所得税法第43条第1項「条件付国庫補助金等の総収入金額不算入」です。条文は、返還を要しないことがその年12月31日までに確定していないときは、その国庫補助金等の額に相当する金額を、その者のその年分の各種所得の金額の計算上、総収入金額に算入しないと定めています。法人の特別勘定のような経理の要件は、この項の文言には置かれていません。

設備を先に買って、補助金が後から入るとき

補助金は精算払いが多く、設備の取得と入金が別の事業年度にまたがることがあります。この場合について、法人税法第42条第1項は括弧書きで、圧縮限度額の計算方法を分けています。「その固定資産が当該事業年度前の各事業年度において取得又は改良をした減価償却資産である場合には、当該国庫補助金等の額を基礎として政令で定めるところにより計算した金額」を圧縮限度額とする、という定めです。すでに償却が進んでいる資産について、補助金の額をそのまま圧縮できるわけではなく、政令の計算に従うことになります。所得税法第42条第1項にも同じ構造の括弧書きがあります。

ここからは筆者の見解です。補助金の入金が翌期にずれること自体は珍しくありませんが、条文が事業年度単位で「確定」と「取得」を見ている以上、決算期をまたぐ案件では、交付決定通知・確定通知・入金の日付をそれぞれ控えておかないと、どの事業年度でどの規定を使うのかを後から再現できなくなります。申請書類のコピーと一緒に、日付の入った通知類を保管しておくのが安全だと考えます。

圧縮記帳で動くのは金額ではなくタイミング

圧縮記帳を使うと補助金に税金がかからなくなる、という理解をされることがありますが、条文が定めているのは、帳簿価額の減額（または積立金の積立て）による損金算入です。帳簿価額を減額すれば、その後の減価償却費も下がります。国税庁タックスアンサー No.2202も、個人の場合について、対象となる固定資産の取得費は「実際にその固定資産の取得のために要した金額や改良費の額から総収入金額に算入されなかった国庫補助金等の額を控除した残額」となり、この取得費を基礎として減価償却費を計算する、と書いています。

以下は筆者による試算です。補助金600万円を受け取り、1,000万円の機械装置を取得した法人を想定します。耐用年数10年・定額法（償却率0.100）、期首に事業供用し、月数按分や消費税の影響は考えないものとした、仕組みを見るための単純な計算です。

初年度だけを見れば差は540万円ありますが、10年間の合計はどちらも同じ△400万円です。圧縮記帳が動かしているのは、負担の総額ではなく発生する時期だということが、この計算から読み取れます。

ここからは筆者の見解です。それでも圧縮記帳には意味があります。補助金が入った期に、補助金と同額の課税所得が立つと、納税のために手元資金が出ていきます。設備投資の直後で資金繰りが最も苦しい時期に、補助金の一部が税金として戻っていく形になるためです。圧縮記帳は、この山をならす手段として使うものだと考えています。逆にいえば、赤字が見込まれる期など、初年度に所得が立っても税負担が生じない状況では、急いで使う必要が薄い場面もあります。

この記事の核心：ITツールやソフトウェアでも圧縮記帳は使えるのか

DX向けの補助金で買うものは、機械装置だけではありません。クラウドサービスの利用料、パッケージソフトのライセンス、受託開発したシステムなど、形のないものが中心になります。これらに圧縮記帳が使えるかどうかは、条文の「固定資産」に当たるかどうかで決まります。

ソフトウェアについては、法人税法施行令第13条（減価償却資産の範囲）が無形固定資産を列挙した第8号に「ソフトウエア」が含まれています。資産に計上されるソフトウエアは、法令上、無形固定資産として扱われます。ここからは筆者の見解です。無形固定資産は固定資産の一部なので、補助金でソフトウエアを取得して資産計上したのであれば、圧縮記帳の対象から外れる理由はないと考えます。ただしこれは、固定資産の定義（法人税法第2条第22号）を経由した当てはめであって、施行令第13条だけで完結する話ではありません。

問題になるのは、資産計上しなかった場合です。ここからは筆者の見解です。圧縮記帳は、固定資産の帳簿価額を減額する（または対象資産について積立金を積み立てる）処理なので、対象となる固定資産が帳簿に載っていなければ成り立ちません。少額なので取得時に費用処理したソフトウェア、月額課金のクラウドサービス利用料、初期設定やコンサルティングの費用として処理した支出には、圧縮の対象となる帳簿価額が残りません。補助金の使い道がこうした費用に寄っているほど、圧縮記帳で受け止められる部分は小さくなり、補助金の大部分がその期の所得として残ることになります。DX関連の補助金では、この形になりやすいと考えています。

そして、補助金の交付目的が固定資産の取得や改良でない場合には、そもそも法人税法第42条・所得税法第42条の入口に立てません。条文が対象としているのは「固定資産の取得又は改良に充てるための」補助金だからです。販路開拓や広報の費用に充てる補助金は、受け取った期の収益として処理することになります。

要件と、見落とすと適用できなくなる手続

圧縮記帳は、条件がそろえば自動的に適用されるものではありません。条文が求めている経理と手続を踏む必要があります。

法人の申告では、別表十三（一）「国庫補助金等で取得した固定資産等の圧縮額等の損金算入に関する明細書」が用意されています（名称は国税庁「別表十三（一）の記載の仕方」で確認）。様式や記載の仕方は年分によって改められるため、申告の年度に対応した国税庁の手引きで確認してください。

圧縮記帳を使わない選択と、個人事業で生じる論点

圧縮記帳は義務ではありません。使わずに、補助金をそのまま収入として申告することもできます。ただし個人事業の場合、この選択には所得区分の論点がついてきます。所得税基本通達34－1は「次に掲げるようなものに係る所得は、一時所得に該当する。」としたうえで、その（9）にこう掲げています。

「法第42条第1項《国庫補助金等の総収入金額不算入》又は第43条第1項《条件付国庫補助金等の総収入金額不算入》に規定する国庫補助金等のうちこれらの規定の適用を受けないもの及び第44条《移転等の支出に充てるための交付金の総収入金額不算入》に規定する資産の移転等の費用に充てるため受けた交付金のうちその交付の目的とされた支出に充てられなかったもの」

読み取れるのは、所得税法第42条第1項・第43条第1項にいう国庫補助金等（＝固定資産の取得または改良に充てるためのもの）のうち、これらの規定の適用を受けないものに係る所得を、一時所得の例示として挙げているという整理です。34－1はあくまで「次に掲げるようなものに係る所得は、一時所得に該当する」という例示であり、対象も固定資産向けの補助金に限られます。経費の補填に充てる補助金は、そもそも第42条の対象ではないため、この号の射程にも入りません。

一時所得の計算は、事業所得とは別の組み立てになります。所得税法第34条第2項は、その年中の一時所得に係る総収入金額から「その収入を得るために支出した金額（その収入を生じた行為をするため、又はその収入を生じた原因の発生に伴い直接要した金額に限る。）」の合計額を控除し、その残額から一時所得の特別控除額を控除した金額を一時所得の金額とすると定めています。特別控除額は同条第3項で「五十万円（同項に規定する残額が五十万円に満たない場合には、当該残額）」とされています。さらに所得税法第22条第2項第2号により、一時所得の金額は、一定の譲渡所得の金額との「合計額の二分の一に相当する金額」が総所得金額に算入されます。

ここからは筆者の見解です。所得区分が変われば税額の計算も変わるため、圧縮記帳を使うかどうかは、単に「税金を先送りするか」だけの問題ではなくなります。個人事業で補助金を受け取ったときは、申告の前に税理士に所得区分の確認を求めるのが確実だと考えます。

補助金を選ぶ段階から効いてくること

ここまでの内容は申告の話ですが、効いてくるのは補助金を選ぶ段階です。同じ金額の補助金でも、対象経費が設備やソフトウェアの取得に向いているものと、外注費や広報費に向いているものとでは、受け取った後の税務の扱いが変わります。制度ごとの対象経費については、中小企業が使える補助金の全体像をまとめた記事で整理しています。

ITツールの導入に使える制度の中身、たとえばデジタル化・AI導入補助金（旧：IT導入補助金）の枠や対象経費は、デジタル化・AI導入補助金の解説記事で扱っています。補助金を前提に投資額を組み立てるときの考え方、補助金が入るまでの立替期間をどう見るかについては、DX予算の立て方の記事が対応しています。小規模事業者持続化補助金でソフトウェアを買う場合は、経費区分と区分ごとの上限が先に効いてきます。この点は持続化補助金でITツールを買う場合を整理したページで扱っています。

また、圧縮記帳を使うにせよ使わないにせよ、補助金の入出金と固定資産の取得を帳簿の上で追える状態にしておく必要があります。個人事業での帳簿づけの基本は、個人事業主の会計処理を扱った記事にまとめています。

補助金を受け取ったら確認すること

1. その補助金の交付目的が、固定資産の取得または改良に充てるものかどうかを交付要綱で確認する
2. 交付決定・額の確定・入金の日付を控え、返還不要がいつ確定したかを特定する
3. その確定が、事業年度終了の時（個人は12月31日）までに収まっているかを確認する
4. 収まっていない場合、法人は特別勘定（法人税法第43条第1項）を使うかどうかを決算前に決める。個人は所得税法第43条第1項の扱いになる
5. 補助金で取得したもののうち、資産計上したものと費用処理したものを分ける
6. 圧縮記帳を使う場合、損金経理か積立金かを決め、確定した決算に反映させる
7. 法人は別表十三（一）、個人は「国庫補助金等の総収入金額不算入に関する明細書」を申告書に添付する
8. 交付条件に収益納付や財産処分の制限が付いていないか、交付要綱を読み直す

まとめ

補助金は非課税ではなく、圧縮記帳は非課税にする制度でもありません。法人税法第42条・所得税法第42条が定めているのは、固定資産の取得または改良に充てる補助金について、返還不要が確定した事業年度（個人は年）に一定の経理をすれば、その分の所得を後の年に送れるという仕組みです。10年で均せば損金の総額は変わらず、動くのは発生する時期だけです。

実務で効いてくるのは、次の3点です。第一に、基準になるのは入金日ではなく返還不要が確定した時点であること。第二に、資産計上しない支出には圧縮の対象となる帳簿価額がないため、費用に寄った補助金ほど圧縮記帳で受け止められる部分が小さくなること。第三に、個人事業では圧縮記帳を使わない場合の所得区分が論点になること。いずれも、補助金を申請する段階で対象経費の内訳を見れば、ある程度は先に読めます。

出典

• 国税庁 タックスアンサー No.2202 国庫補助金等を受け取ったとき（令和8年4月1日現在法令等・確認日 2026-09-19）
• 国税庁 タックスアンサー No.6157 課税の対象とならないもの（不課税）の具体例（令和8年4月1日現在法令等・確認日 2026-09-19）
• 国税庁 法人税基本通達 第10章第2節 国庫補助金等で取得した資産の圧縮記帳（10－2－1）（確認日 2026-09-19）
• 国税庁 所得税基本通達 法第34条《一時所得》関係（34－1）（確認日 2026-09-19）
• e-Gov法令検索 法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第42条・第43条（確認日 2026-09-19）
• e-Gov法令検索 所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第22条・第34条・第42条・第43条（確認日 2026-09-19）
• e-Gov法令検索 法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）第13条（確認日 2026-09-19）
• 国税庁 別表十三（一）の記載の仕方（確認日 2026-09-19。様式は年分により改められます）